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25天 我国率先完成草地贪夜蛾染色体基因组测序组装
发表日期:2019-06-26 17:36| 来源 :本站原创 | 点击数:
本文摘要:原题目:二十五天!我国率先完成草地贪夜蛾染色体基因组测序和拆卸 从虫卵到成虫,20天摆布就完成一个世代。迁飞速度快、繁衍力强、食量出格大是入侵物种草地贪夜蛾的标签。这种幺蛾子取食玉米、水稻、高粱等186种动物,风险甚深。从本年1月在西南边陲普洱江

  原题目:二十五天!我国率先完成草地贪夜蛾染色体基因组测序和拆卸

  从虫卵到成虫,20天摆布就完成一个世代。迁飞速度快、繁衍力强、食量出格大是入侵物种草地贪夜蛾的“标签”。这种“幺蛾子”取食玉米、水稻、高粱等186种动物,风险甚深。从本年1月在西南边陲普洱江城发觉,半年过去,其子子孙孙已飞抵东北三省,横扫中国邦畿对角线月中旬,一场与飞翔速度争抢时间的科学研究也在接力进行。仅用25天,从害虫采样到论文颁发,我国初次在全球完成对这种外来入侵者染色体级此外基因测序与拆卸。

  “草地贪夜蛾基因组的解读和深条理回覆,对进一步研究其亚型、耐药性和持久防控具有主要意义。”中国科学院院士、华大基因学院院长杨焕明18日在昆明暗示,入侵生物的耐毒性与遗传机制、确定入侵中国的样本类型、迁飞路线、基因防御手艺、杂食性遗传机制等研究与使用,都离不开高质量参考基因组。

  华大生命科学研究院数字化地球研究所副所长刘欢引见,从5月21日13:00接到使命指令到联系好采样,他们仅用时30分钟;两个小时后,确定了项目实施方案和样本来历。次日,他们在广州采到了样本,同时来自云南的样本送达深圳,当天就动手DNA提取等工作;第5天,就实现stLFR测序数据下机、5K大片段和WGS上机测序以及转录组上机;第10天,完成了物种判定和第一版雌雄两个基因组拆卸;第15天,转录组数据下机,完成拆卸补洞和起头基因组正文;第25天——6月15日,发布两个染色体程度的基因组,确定侵入我国草地贪夜蛾亚型和可能来历,文章正式在BioRxiv颁发。

  “人类基因组测序六个国度参与、花了十年时间;其他物种的拆卸研究阐发凡是达到1年,算是快的。草地贪夜蛾的入侵,吹响了科研办事国度的军号,也让我们缔造了史无前例的速度。”刘欢说。

  在杨焕明院士带领下,云南农业大学、华大基因、中国科学院动物研究所、中国农业科学院等通力协作,动用了所有资本,与国内各省区以及美国样本互动,产出了1.5Tb的基因组测序原始数据,目前完成了1雌1雄2个染色体程度的基因组拆卸,两个基因组拆卸大小别离达到了542.42M和530.77M。

  “无论是基因组完整性仍是基因集的完整性都跨越了目前已有版本。”刘欢说,研究中通过基因正文共发觉了12516个基因家族。通过与8个近缘鳞翅目物种进行比力基因组学阐发,发觉了多个扩张基因家族,此中有两个严峻扩张,这意味着其在某些方面功能很是强,这或将为草地贪夜蛾的高度杂食性、抗药性研究打下根本。研究人员通过对草地贪夜蛾亚型阐发表白中国种群有玉米型(C型)和杂合水稻型(R型)两品种型,确定有非洲入侵,疑惑除其他地域入侵。值得一提的是,项目组所利用的stLFR和Hi-C手艺均为自主研发手艺,达到了国际领先程度。

  “这是一个涉及生态、民生、粮食平安甚至伦理等的科学课题,表现了参与科研机构和人员的担任,以及科学与合作的精力。后续工作要尽快做、尽量做!”杨焕明院士说。

  与此同时,云南农业大学桂富荣传授等开展了草地贪夜蛾的灾变机理及节制研究,陈斌传授等则环绕生物多样性节制生物灾祸展开研究,均取得初步进展。目前,基因组数据已上传国度基因库的中国核酸序列归档系统(CNSA)数据平台,供全世界研究者公开下载利用。将来,项目组还将进一步开展耐毒性、转录组等方面的研究。(科技日报昆明6月18日电)

  来历:科技日报

  义务编纂:张玉

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